OPM/KKB kerap mengancam hingga melakukan tindak kekerasan kepada aparat keamanan maupun masyarakat. Tak sedikit ancaman tersebut berbuntut jatuhnya korban jiwa.
OPM/KKB juga kerap mengintimidasi pejabat Pemda dan memaksa mereka untuk mendukung aksi kekerasan yang menimbulkan efek ketakutan yang meluas di kalangan masyarakat. Fenomena ini telah menjadikan suatu ancaman bagi terwujudnya nilai-nilai kemanusiaan serta pembangunan baik fisik maupun non fisik di tanah Papua.
Tindak kekerasan yang dilakukan oleh kelompok separatis OPM/KKB telah menimbulkan korban jiwa, kerusakan fasilitas publik dan kerugian harta benda.
Beberapa aksi tindak kekerasan yang dilakukan oleh KKB pada kurun waktu April 2021, antara lain aksi pembakaran tiga rumah warga di Distrik Beoga pada 17 April 2021, pembunuhan terhadap seorang pelajar di Distrik Omukia pada 16 April 2021, penembakan terhadap seorang pengemudi ojek di Kampung Eromaga, Distrik Omukia pada 14 April 2021, pembakaran terhadap sebuah helikopter yang tengah parkir di Bandara Ilaga, Kab. Puncak pada 11 April 2021, serta penembakan dua orang guru dan pembakaran tiga sekolah di Distrik Beoga, pada 8 April 2021.
Sebelumnya OPM/KKB juga pernah melakukan penyanderaan kepada sekitar 1.300 warga Desa Binti dan Desa Kimbley, Kecamatan Tembagapura pada 2017, membunuh 31 Pekerja PT Istaka Karya di Kali Yigi dan Kali Aurak, Nduga pada 2018 dan melakukan serangkaian aksi teror dan tindak kekerasan terhadap masyarakat maupun aparat keamanan selama periode 2019 s.d 2020.
Menyikapi hal tersebut, Ketua Komnas HAM, Ahmad Taufan Damanik, mengatakan bahkan tindakan kekerasan yang dilakukan OPM sangat brutal. Komnas HAM mengakui bahwa aksi kekerasan yang terjadi di Papua terkadang merupakan perbuatan Organisasi Papua Merdeka (OPM).
“Kadang-kadang sangat brutal, seperti peristiwa Wamena dan kota lain demomstrasi setelah isu rasisme di Surabaya, kami catat ada aksi kekerasan separatisme OPM,” ucap Taufan.